Contribution du dépistage rapide à la réduction de la transmission de SE par les oeufs américains

Alors que les plans de biosécurité intégrale mis en place dans l’ensemble de la chaîne de valeur des filières ponte et oeufs jouent un rôle décisif dans la lutte contre Salmonella Enteritidis, les dosages immunologiques à flux latéral hautement sensibles et spécifiques permettent de réduire sensiblement les coûts liés au respect de la règlementation grâce à des résultats de dépistage extrêmement précis.

Les infections à Salmonella Enteritidis* (SE) transmises par les oeufs ont considérablement diminué dans la filière américaine des oeufs de consommation. Après la survenue deplusieurs cas en Europe au début des années 1970, le «foyer index» est apparu en Nouvelle-Angleterre en 1979. L’épidémie s’est ensuite étendue aux États du centre de la côte Est des États-Unis (Mid-Atlantic States) au début des années 1980, avant de gagner les régions du Sud-Ouest et du Pacifique dans les années 1990.
Le nombre d’infections à SE recensé sur le territoire américain a enregistré un pic de 10 200 cas en 1995, pour retomber à 5 000 cas en 2005. Dans les Mid-Atlantic States, incontestablement les plus touchés, l’incidence de l’infection a atteint 9,1 cas pour 100 000 habitants en 1994. En 2007, elle avait chuté à moins de 2,5 cas pour 100 000 habitants.
D’après les calculs des centres américains de contrôle et de prévention des maladies (US CDC), les 5 333 cas avérés de SE auraient en fait représenté 170 000 cas à l’échelle nationale, dont 108 000 ont été attribués à la consommation d’oeufs infectés. Quelle que soit la véracité de ces chiffres, qui reposent sur une série d’hypothèses contestées, il y avait bel et bien un problème à résoudre, d’où l’intervention du gouvernement fédéral.

Des plans d’assurance qualité pour les oeufs

À la fin des années 1990, plusieurs États ont mis en place des plans d’assurance qualité «oeufs» afin d’obliger les producteurs à respecter des normes minimales en matière de biosécurité, de réfrigération post-conditionnement, de vaccination, de dépistage des contaminations environnementales chez les oiseaux et de réorientation des oeufs issus de lots infectés vers le cassage et la pasteurisation. L’élimination des infections transmises verticalement d’une génération à l’autre, depuis les lignées pures jusqu’aux reproducteurs, a joué un rôle décisif dans l’obtention d’une réduction significative de la prévalence de SE chez les volailles. Le plan national d’amélioration de la filière avicole (National Poultry Improvement Plan, NPIP) instauré au début des années 1930 coordonne les actions engagées par le gouvernement fédéral, les États et les industriels pour éradiquer les infections à transmission verticale. Il rend certaines procédures obligatoires, homologue les tests diagnostiques et certifie les couvoirs qui fournissent des poussins et des dindes d’un jour. Initialement créé pour éradiquer les infections à Salmonella pullorum, le NPIP concerne désormais les souches de SE chez les pondeuses, ainsi que d’autres agents pathogènes chez plusieurs espèces aviaires. Le respect des exigences du NPIP garantit une offre en poulettes de remplacement issues de couvoirs certifiés sans SE. Il s’agit d’un des fondements essentiels des actions entreprises par la filière avicole pour prévenir Salmonella Enteritidis dans les élevages. En 2003, une marque d’oeufs distribuée à l’échelle nationale adopte un plan rigoureux pour la prévention de SE. Ce plan prévoit une vaccination ainsi qu’une obligation de renforcement des mesures de biosécurité chez tous les producteurs d’oeufs franchisés. L’utilisation des kits de dosage immunologique à flux latéral joue un rôle clé dans l’application de ce plan. Les lots étant testés cinq fois entre leur mise en place et la fin du deuxième cycle de production, il devient en effet nécessaire de remplacer la procédure microbiologique classique préconisée dans le manuel d’analyses bactériologiques publié par la Food & Drug Administration (FDA Bacteriological Analytical Manual, BAM) par un test rapide aux paramètres adaptés.

RapidChek® SELECT™ fait la part belle à la sensibilité

Le dosage immunologique à flux latéral RapidChek® SELECT™ de Romer Labs est aujourd’ hui la méthode de détection de prédilection pour déterminer la présence d’une salmonelle du groupe D1 dans un échantillon prélevé à l’aide d’un écouvillon dans des fèces ou surdes oeufs. La FDA la considère équivalente à la méthode BAM, plus lourde et plus coûteuse. La première évaluation de la méthode RapidChek® a permis de déterminer que ce test présentait une sensibilité de 100 pour cent, propriété essentielle pour un test de détection qui ne doit pas donner de faux négatifs. Lors de la procédure d’homologation, où 141 souches de Salmonella du groupe D1 et 210 sérotypes de Salmonella n’appartenant pas à ce groupe ont été testés, la spécificité du test a été évaluée à 93 pour cent. Il s’agit d’un paramètre important dans la mesure où l’obtention defaux positifs sur un lot de 125 000 poules âgées de 45 semaines entraîne des coûts non négligeables et perturbeles activités de production. En 2010, un laboratoire privé a analysé 2 412 écouvillons selon la méthode BAM. Il a obtenu 1 477 colonies «suspectes» nécessitant des analyses complémentaires. Parmi ces suspects, seuls deux échantillons se sont avérés positifs à SE. Les résultats (combinés) obtenus par deux laboratoires du Midwest avec le test RapidChek® en 2010 et 2011 ont donné 106 échantillons «présumés» positifs sur environ 14 000 écouvillons analysés. Des tests bactériologiques de confirmation ont identifié 16 souches de SE dans les prélèvements de routine transmis par des producteurs. Les données d’analyse de 1162 écouvillons obtenues par un laboratoire de l’ouest des États-Unis ont permis de comparer le test RapidChek® au test microbiologique BAM classique quant à leur aptitude à détecter les salmonelles du groupe D1. Le dosage immunologiqueà flux latéral a identifié onze échantillons «présumés» positifs, contre trois échantillons positifs pour la méthode BAM.

En pratique

La spécificité d’un test de détection se révèle essentielle du point de vue des pertes financières potentielles. Ainsi, il a été calculé que si un faux positif était obtenu lors du test environnemental obligatoire réalisé sur les lots âgés de 40 à 45 semaines, la non-commercialisation des oeufs ou leur réorientation vers le cassage et la pasteurisation, pendant les quatre semaines nécessaires à la réalisation des tests de confirmation, pourrait coûter jusqu’à 75 000$ pour un élevage de 125 000 poules (selon le cours du marché des oeufs en coquille et des oeufs de casserie). En 2010, peu après l’adoption de la décision finale de la FDA sur la prévention des salmonelles, une épidémie massive liée à un complexe de l’Iowa a entraîné une vaste campagne de rappels représentant, au final, quelque 500 millions d’oeufs. Véritable aberration, ce cas a résulté d’une gestion calamite use ne reflétant pas du tout les pratiques en vigueur dans la filière. Lors de cette épidémie, le premier cycle de tests, basésur les audits réalisés par la FDA selon la méthode BAM, a révélé un taux d’infection de 2,5 pour cent des lots analysés. Depuis, ce taux a baissé à un niveau négligeable. Aucun cas de SE dû à des oeufs n’a été signalé depuis 2011. Cela découle du strict respect des principes de la décision finale de la FDA et s’explique en grande partie par la fréquence et l’intensité des surveillances environnementales. De tels résultats n’auraient pas été possibles sans l’utilisation du test RapidChek® SELECT™ SE, parles laboratoires publics et privés, pour la réalisation de tests de dépistage et de conformité pour la filière avicole. Les données épidémiologiques recueillies démontrent que les infections à SE en aviculture sont désormais associées à la viande de poulet et que les souches de SE comprennent un pourcentage croissant de sérotypes de Salmonella issus du lavage des carcasses. Des plans delutte et d’élimination ont donc été mis en place, le kit SE s’imposant comme la méthode de détection de prédilection pour les lots de reproducteurs et d’élevage dans la filière américaine des volailles de chair.

 * Salmonella enterica Serotype Enteritidis

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